Transportministeriet har anfægtet flere forhold i det fremsatte forslag om bompenge i København. Det samlede resultat af disse forhold gør, at ministeriet ikke forventer, at en bompengering vil generere et samlet overskud før 2021, hvis taksterne i den kollektive trafik nedsættes med op til 40 pct. fra 2012. Det fremsatte forslag om en bompengering er baseret på en analyse udarbejdet af konsulentvirksomheden Tetraplan for Københavns Kommune og 15 omegnskommuner fra april 2008.
For det første er ministeriet ikke enige i den fremskrivning i biltrafikken hen over ringen, som er afgørende for projektets indtjening. I forslaget er det antaget at biltrafikken i København stiger med 10 pct. pr. år frem mod 2020. Det mener ministeriet ikke er realistisk, da trafikken hovedsageligt er steget på motorvejsnettet, mens trafikken over Københavns Kommunes grænse siden 2006 faktisk er faldet.
For det andet kritiserer ministeriet, at der ikke i forslaget tages højde for en mindre trafikmængde i juli måned, hvor der historisk set er færre biler i København.
For det tredje vil taksnedsættelse i den kollektive trafik ifølge Transportministeriet medfører større udgifter end beregnet i forslaget. Langt færre vil købe dyre kontantbilletter i takt med at abonnements- og klippekort bliver relativt billigere. Denne substitutionseffekt har transportministeriet beregnet vil koste knap 300 mio. kr. mere om året end forventet. På den baggrund har Transportministeriet anslået at der først vil være et samlet overskud fra bompengeringen fra 2021. Det vil altså først fra 2021 være penge i budgettet til grønne trafikinvesteringer.
